steamの不具合報告スレッドの#21・24でも似た現象が取り上げられているので、自分のゲーム環境に問題があるわけでなく、誰でも発生する可能性があるようです。それとこの記事を投稿した今もスレッドで解決方法は判明していないらしいです

　解決の為twitterで「APC　セーブ」で調べた所、（tweetは載せられませんが）長時間放置した場合にこのセーブデータ消失バグが発生しやすくなるそうです

　そして私がデータ失敗した時は何をしてたかと言うと、4回とも資料としてgooglemapを見てたり、youtubeで鉄道の動画を視聴したり、ブラウザでタブを大量に開きながらAPCをプレイしてました
私はPCに詳しくないので細かいことは分かりませんが、多分メモリに負担がかかったのが原因だったりするんですかね…？

対策としては 両方とも解決方法でなく対策ですが、念のためにしておいたほうがよろしいかと

　また、記事トップの画像は新しいコンストラクションでプレイ時間が1分にも関わらずバグが発生しました。バグが発生する状況だとプレイ時間に関わらずデータ消失バグが発生する様なので、タブを開いたりしてPCが重くなってそうな状況では他のセーブデータには触れずゲームをしばらく閉じた方がよさそうです

　それと自分はコンストラクションでしか発生していないのですが、バグが起きる環境だと普通のシナリオはどうなるのか調べてみました。新規にプレイしようとすると下の画像の様にゲーム自体が開始できません


　プレイ済のデータを上書きセーブするのは何故か可能でした。とはいえバグが発生しないとも限らないのでPCが重い場合はプレイを避けた方がよさそうです



　現時点ではセーブできなくなってしまった場合解決はできなさそうです。西武再現マップのシナリオが消えた一回目で何となく察したのにその後3回繰り返すアホが言うのもなんですが、
みんなのA列車PCをプレイしてる際は皆さんデータ消失バグに気を付けましょう

　それとおまけですが、供養として消える前に撮った動画を編集して再現動画を3つ（西武池袋線所沢駅後編・秋津駅・清瀬駅）アップロードしました